肠病 表观 甲基 炎症
易基因：WGBS等揭示丹参甲基化表征及DNA甲基化在丹参酮生物合成中的调控机制｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 丹参（Salvia miltiorrhiza，S. miltiorrhiza）是一种具有重要经济价值和药用价值的模式药用植物，丹参的根会合成一组称为丹参酮（tanshinone）的二萜类亲脂性生物活性成分。丹参酮的生物合成和调控引起广泛 ......
易基因：全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哮喘（asthma）是儿童期最常见的慢性炎症性疾病，患病率2.6%~30.5%，儿童哮喘是世界范围内的一个主要健康问题。儿童哮喘是遗传和环境因素复杂互作结果，可导致表观遗传和免疫失调、气道炎症和肺功能受损。先前研究利用850K芯片对哮喘 ......
易基因：ChIP-seq等揭示转录因子NRF1调控原始生殖细胞发育、增殖和存活的表观遗传机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 原始生殖细胞（Primordial germ cell，PGC）是生殖细胞前体，可以产生卵母细胞和精子，确保生命延续。尽管PGC特化（PGC specification）得到广泛研究，但PGC种群在出生前迁移到胚胎性腺后如何维持和扩大仍 ......
三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容
王院长的报告涵盖了针对三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容。 在基因组组装算法方面，王院长分享了其团队在二代和三代测序数据基因组组装算法设计与分析方面的成果和突破。其中，针对长读长测序的高错误率以及错误分布不均匀等问题，王院长介绍了团队设计的一系列基因组组装和po ......
易基因：m5C RNA甲基转移酶及其在癌症中的潜在作用机制｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近年来，5-甲基胞嘧啶（m5C）RNA修饰已成为通过编码和非编码RNA调控RNA代谢和功能的关键参与者。越来越多的证据表明，m5C可以调控RNA稳定性、翻译、转录、出核和切割，以及介导细胞增殖、分化、凋亡、应激反应和其他生物学功能。人的 ......
易基因：单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinal vesicle，GV) 卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizing hormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和 ......
易基因8种表观转录组m6A MeRIP-seq的差异甲基化区域（DMR）分析软件比较 | 生信专区
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RNA甲基化是近年来研究基因表达调控转录后变化的重要研究领域，包括N6-甲基腺苷（m6A）在内的各种类型RNA甲基化参与人类疾病发展。MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术，拓展了RNA表观遗传学研究 ......
易基因：ChIP-seq等揭示H3K4me1修饰在蜜蜂级型分化中的表观遗传调控机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 蜜蜂是一种真社会性昆虫，是研究社会性昆虫级型发育和级型分化的重要模式生物，其分工主要基于级型分化（蜂王(queen)和工蜂(worker)）。分化后，尽管基因组相同，但蜂王和工蜂具有不同的形态、生理、行为和寿命相关特征，级型分化的背后机 ......
易基因： DNA甲基化差异水平分析中的DMC、DMR、DMG鉴定 | 干货分享
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量 ......
易基因： RRBS揭示基于DNA甲基化驱动基因的肾透明细胞癌预后模型的鉴定和验证｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 肾细胞癌（RCC）是最常见的肾癌亚型，每年超400万例新发病例，是泌尿系统恶性肿瘤导致的第二大死因。2%-70%的RCC为透明细胞RCC（Clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）。DNA甲基化（DNA ......
易基因｜表观遗传学与脑卒中：DNA甲基化的作用及衰老对血脑屏障修复的影响
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 脑卒中（俗称中风）是导致死亡和长期残疾的主要原因，尤其是对于老龄人来说。脑卒中的平均生存时间为6-7年，许多患者存在身体残疾和晚期认知功能障碍。脑卒中后的神经功能预后取决于许多因素，包括年龄、梗死面积和部位、遗传因素以及脑修复程度。脑卒 ......
易基因：ChIP-seq等揭示METTL14调控哺乳动物二价结构域的表观遗传机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白及其翻译后修饰在调控基因表达和其他染色质模板化过程中起着重要作用。组蛋白H3赖氨酸4三甲基化（H3K4me3）和组蛋白H3K27me3分别在小鼠植入前胚胎的基因激活和基因抑制中发挥重要作用。H3K4me3和H3K27me3组成的染 ......
易基因：组学研究揭示不同牛品种的DNA甲基化、染色质和基因表达互作机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在全球范围内，牛为60多亿人提供了重要的营养来源。传染病是养牛生产的主要限制因素，且许多疾病人畜共患，因此与人类健康直接相关。近年来牛的许多复杂性状遗传基础得到了广泛研究，但不同动物的大量重要表型变化仍无法解释，人们越来越关注非遗传变异 ......
易基因：全基因组DNA甲基化和小RNA分析揭示甘蓝型油菜种子的基因组不对称性
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 多倍体是被子植物基因组进化中的一种持续现象，有助于现存开花植物的多样性。甘蓝型油菜（Brassica napus）是世界上最重要的被子植物油料作物品种之一，起源于Brassica rapa（An）和Brassica oleracea（C ......
易基因｜一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：ACE-Seq
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑做组学科研服务的易基因。今天给大家介绍一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：APOBEC-coupled epigenetic sequencing，简称【ACE-seq】。 前言 DNA序列中胞嘧啶（C）5’ 碳位结合一个甲基基团而转变成5mC的现象称为DNA基 ......
易基因：小檗碱通过介导m6A mRNA甲基化调控斑马鱼肝细胞氧化应激、凋亡和自噬
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 中药小檗碱（Berberine，BBR，化学式C20H18NO4）是从几种药用植物中分离出的一种异喹啉季生物碱，包括小檗（Berberis aristata）和黄连（Coptis chinensis）。小檗碱可改善脂质代谢紊乱诱导的细胞 ......
易基因：全基因组DNA甲基化分析揭示DNMT1在斑马鱼模型听觉系统发育中的作用 | 胚胎发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 听力障碍通常与内耳发育不全或损伤有关，是影响生活质量的严重健康问题。因此研究听觉器官发生过程中的关键基因对于探索听力损伤的潜在策略至关重要。斑马鱼模型在理解内耳发育不良和相关疾病的分子遗传学原理方面得到了越来越多的应用，内耳发育包括遗传 ......
速递：易基因科技应邀在广东药科大学生物信息系讲课分享表观遗传学研究技术
2023年5月8日上午，深圳市易基因科技有限公司高级技术总监王君文应邀至广东药科大学医药信息工程学院生物信息系开展关于“基因组学时代：表观遗传学研究及DNA甲基化技术介绍”的线下讲座。讲座由生物信息系副主任任重鲁主持，众多学生积极响应参与。 表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表 ......
易基因：2023年植物表观转录组研究的最新进展（m6A+m5C）｜深度综述
大家好这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 被称为表观转录组（epitranscriptome）的RNA修饰正成为基因调控的广泛调控机制。由于绘制转录组范围RNA修饰测序策略的改进，以及分别对沉积、去除和识别RNA修饰的writers、erasers和readers密集表征，表观转 ......
隧道全幅表观产品开发日志（一）旧版软件的修改日志
好久没写博客了，上一次写还是在上一家公司 现在在的这家公司目前做的是隧道内的探伤项目，我现在主要的工作是做工控机，也就是控制各种硬件组织作业。 目前的产品架构见https://github.com/LeventureQys/South_Gathering_Doc 中多设备采集软件相关内容，这篇文章仅 ......
【饮食与健康】【AIGC创作】表观生理年龄逆转指北
一、引言 我们都知道，岁月不饶人，但是谁又不想在岁月的长河中留下青春的容颜呢？在这个人人都追求健康和美丽的时代，我们的生活节奏却愈发紧张，高压的工作和不规律的作息让我们的身体时刻处于亚健康状态。这时候，你是不是开始想：“要是有一个方法能让我变年轻，那该有多好啊！”好消息是，科学家们已经找到了一个办法 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日，杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》（IF: 9.995）杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
易基因：全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较（MeDIP、RRBS和WGBS）| 研究综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb以内的区域（CpG shore ，CpG岛岸）、CpG岛岸上下游2kb以内的区域（ ......
使用Sentieon加速甲基化(WGBS)分析
全基因组甲基化测序(WGBS)是一种研究DNA甲基化的方法，以全面了解在基因组水平上的表观遗传变化。在进行WGBS数据分析时，通常需要使用专门的比对工具，因为这些工具需要能够处理亚硫酸盐转化后的数据。 以下是四个不同的WGBS比对分析流程： Bismark：Bismark是一个基于Bowtie2或H ......
易基因：METTL3介导的m6A甲基化谱调控肌肉干细胞成肌细胞状态转换｜发育分化
2020年9月29日，《Cell Death Discovery》（IF: 7.109）杂志发表了题为“A defined N6-methyladenosine (m6A) profile conferred by METTL3 regulates muscle stem cell/myoblast ......
易基因：群体分析揭示了DNA甲基化在番茄驯化和代谢多样性中的作用｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年3月23日，海南大学三亚南繁研究院/热带作物学院博士研究生郭昊等为第一作者、王守创教授为通讯作者在《Science China Life Sciences》杂志发表题为“Population analysis reveals ......
易基因： oxRRBS+RRBS揭示炎症性肠病导致发育异常的表观遗传机制｜甲基化研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2020年12月31日，美国明尼苏达大学Natalia Y. Tretyakova教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“Multi-Omics Characterization of Inflammatory Bowel ......
易基因-单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序 高通量单细胞DNA甲基化测序简介 单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术，传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。目前单细胞甲基化研究主要受 ......
易基因： m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验思路｜干货系列
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近年来，m6A RNA甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，相关研究成果层出不穷，高分文章不断。研究方向包括疾病发生发展、发育和分化、环境暴露与响应等。 研究人员为m6A甲基化课题申请作准备以及为降低m6A甲基化实验风险， ......