segregation基因analysis bulk
美国乔治亚大学李增禄教授最新报告《基因组预测加速遗传增益》
目录 这是美国乔治亚大学（University of Georgia）李增禄教授在山东农业大学做的一场最新报告。李教授主要从事大豆高产、优质、抗病虫育种，大豆遗传资源鉴定、利用及创新，目标性状基因定位，分子育种方法的开发和利用、基因组选择等研究工作。 关于李教授：https://cropsoil.u ......
又双叒叕一个大豆T2T基因组发表了
目录基本信息背景方法结果碎碎念 前不久才刚总结完大豆T2T基因组：哪个才是首个（中国）大豆的T2T基因组版本？，谁能想到最近又出来一个大豆品种Jack的T2T基因组。 基本信息 标题: A complete reference genome for the soybean cv Jack (大豆品种 ......
Mol Plant | 黄学辉等教授综述植物泛基因组及其应用
目录摘要泛基因组的重要性植物泛基因组的主要结构变异（SV）驱动力植物泛基因组的发展植物泛基因组应用育种 今日分享一篇去年底今年初发表的植物泛基因组综述，作者史俊鹏、田志喜、赖锦盛、黄学辉，全员大佬。 该文详细介绍了植物泛基因组的概念、研究进展和应用。 摘要 植物基因组高度多样化，很大一部分序列在不同 ......
NAR | 华大和上海师范大学开发的基因组选择平台CropGS-Hub
目录主要内容小编碎碎念 几个月前就听说华大万物联合上海师范大学开发了基因组选择的工具CropGS，一直比较好奇。近日文章已经发表见刊，得以一窥究竟。 主要内容 以往的作物GWAS数据库集中在表型和基因型之间的关联，只有少数数据库充分利用表型和基因型资源来构建和托管农艺性状的基因组预测模型。如NHGR ......
Overview of Machine Learning Methods for Genome-Wide Association Analysis
Overview of Machine Learning Methods for Genome-Wide Association Analysis BIBE2021: The Fifth International Conference on Biological Information and B ......
易基因：人早期胚胎发育的表观遗传调控（染色质重塑+组蛋白修饰+DNA甲基化）｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物发育研究促进了对协调胚胎发生遗传、表观遗传和细胞过程的理解，并揭示了对人类胚胎发生特异性新见解。最近研究生成了人类早期胚胎发生的第一个表观遗传学图谱，激发了关于表观遗传学重编程、细胞命运调控以及支撑人类胚胎发育可塑性的潜在机制新 ......
得到差异表达基因后怎么做
不管芯片数据还是测序数据，得到的差异表达基因DEGs都是独立的基因，如果直接对这些基因分析叫单基因分析，这种分析会有很多弊端，比如： 因为噪音的存在，结果本身就是不可靠的 因为对DEGs个人取舍条件的不同，也会造成结果不可靠 工作量增大 只关注单个基因而忽视基因之间的相互作用，这就很难揭示具体生物学 ......
Detecting Unknown Encrypted Malicious Traffic in Real Time via Flow Interaction Graph Analysis
1 前言 1.1 标题 Detecting Unknown Encrypted Malicious Traffic in Real Time via Flow Interaction Graph Analysis 1.2 摘要 为了保护网络的机密性和隐私性，目前互联网上的流量被广泛地加密。然而，流量 ......
易基因：ChIP-seq等揭示SETD2介导H3K36me3调控结直肠癌进展的表观遗传机制｜CTM研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 结直肠癌(Colorectal cancer，CRC)是一种复杂的多阶段疾病，由基因突变和表观遗传改变相互作用引起。组蛋白H3K36三甲基转移酶SET结构域2 (SETD2)是一种表观遗传信号分子，在结直肠癌中突变率为5%。SETD2在 ......
易基因：人精子H3K4me3 ChIP-seq和DNA甲基化WGBS揭示与生育和发育相关重叠区域
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 目前，六分之一的夫妇患有不孕不育，其中多达一半的病例由男性因素引起，在过去的40年中，精子数量下降了50%。尽管导致精子质量和数量下降的因素知之甚少，但环境-表观基因组相互作用是可能的。暴露于有毒物质、饮食和 BMI 升高与精子表观基因 ......
16-有参转录组实战2-将批量转录组比对到基因组上
#1，我们先下载毛果杨的基因组文件和GFF注释文件，自己去NCBI下：（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000002775.5/），选Genbank的。 #2，我们将GFF文件和genomic.fna文件上传到服务器，并重命名下，Pt ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制｜研究速递
双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中，双膦酸盐类药物已经引起了严重的副作用。 m6A甲基化在骨代谢疾病 ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中， ......
PCA (principal component analysis)算法
一、 PCA算法 PCA(principal component analysis)是一种应用广泛的降维算法，其基本思想是想通过找到一个低维的“最具有代表性”的方向，并将原数据映射到这个低维空间中去，从而实现数据的降维。 1. 算法原理 我们先从二维数据简单说明，假设我们有n个二维数据组成的数据集\ ......
Probabilistic principal component analysis-based anomaly detection for structures with missing data（概率主成分分析PPCA）
SHM can provide a large amount of data that can reveal the variation in the structure condition什么是压缩传感，数据重构，研究背景与意义，怎么用 基于模型的方法不可避免的缺点是模型的不确定性，因为很难创建能 ......
ORACLE: BULK COLLECT批量处理
ORACLE批量更新大数据量操作bulk collect与forall 参考： https://blog.csdn.net/ITdevil/article/details/94582857 %ROWTYPE 类型声明：-- 规则： 变量名 表名%ROWTYPE (表示声明的变量类型与表OE_ORDE ......
4-基因家族的系统进化树-基于Windows系统上的iqtree
如何构建系统进化树，使用的软件是iqtree，这是一个基于最大似然法估算的建树软件，可以在Windows系统上运行。 ......
3-基因家族的鉴定-基于Windows系统上的HMMER
下面讲如何在windows系统上用HMMER做基因家族的鉴定： 1， 下载 我们电脑首先要有个迅雷，然后复制这个链接，用迅雷打开(http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip)，下载到本地，解压。 2， 案例分析 HMME ......
2-基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast
下面讲如何在windows系统上用blast做基因家族的鉴定： 1，下载 在NCBI网站上下载blast工具“https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download” 点击进入ftp ......
易基因：oxBS揭示口腔鳞癌的启动子区甲基化和羟甲基化变化及基因差异表达｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 口腔鳞状细胞癌(Oral squamous cell carcinoma, OSCC)是世界范围内最常见的癌症类型之一。尽管已有研究表明5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, 5mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxym ......
《Fine-Grained Image Analysis with Deep Learning: A Survey》阅读笔记
论文标题 《Fine-Grained Image Analysis with Deep Learning: A Survey》 作者 魏秀参，南京理工大学 初读 摘要 与上篇综述相同： 细粒度图像分析（FGIA）的任务是分析从属类别的视觉对象。 细粒度性质引起的类间小变化和类内大变化使其成为一个具有 ......
(段设期中复习) Great Ideas in Algorithm Analysis: Midterm Review
Distance Algorithms Basic sampling lemma: Let \(S_1,\dots,S_n \subset [n]\) be sets of size at least \(D\), then randomly choose \(c (n/D) \log n\) el ......
《Deep learning for fine-grained image analysis: A survey》阅读笔记
论文标题 《Deep learning for fine-grained image analysis: A survey》 作者 魏秀参，旷世研究院 初读 摘要 细粒度图像分析（FGIA）的任务是分析从属类别的视觉对象。 细粒度性质引起的类间小变化和类内大变化使其成为一个具有挑战性的问题。 本文旨 ......
易基因：oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近日，徐州市中心医院（徐州医科大学徐州临床学院）史振铎等为第一作者、韩从辉教授为通讯作者在《Biomarker Research》杂志发表题为“Integrative multi-Omics analysis depicts the m ......
易基因：综合全基因组DNA甲基化和转录组学分析鉴定调控骨骼肌发育潜在基因 | 研究进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是骨骼肌发育中关键的表观遗传调控机制。但胚胎鸭骨骼肌发育中负责DNA甲基化的调控因子仍然未知。 2023年10月23日，南京农业大学动物科技学院于敏莉副教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“The Integ ......
易基因：MeRIP-seq+ChIP-seq等揭示m6A甲基化在休眠期转录休眠调控中的潜在功能
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 发育通常被认为是遗传程序的顺序展开，复杂程度不断提高，并按固定轨迹随时间进行。然而，调整发育时间可以提高在不利条件下的存活率。在哺乳动物中，这表现为胚胎停育。在小鼠胚泡和胚胎干细胞中，通过抑制mTOR表达以及对Myc转录因子的抑制可诱导 ......
BAW(Bulk Acoustic Wave) resonator with high Q-factor.
bulk acoustic wave (BAW) resonator with high Q-factor. https://www.ti.com/lit/pdf/snaa362 [PDF]Standalone BAW Oscillators Advantages Over Quartz Oscil ......
T2T组装时代的多基因组比对MGA
多基因组比对 （multiple genome alignment, MGA）首先要定义多序列比对 （multiple sequence alignment, MSA）。MSA 是将同源关系分配给 3 个或更多序列的方法（对于 2 个序列，使用“成对”而非“多个”），其中一组核苷酸是同源的，如果它们 ......
哪个才是首个（中国）大豆的T2T基因组版本？
目录主要结果主要方法数据策略工具问题来了 2023年9月29日，哈尔滨工业大学王亚东团队联合中国农科院韩天富团队在bioRxiv发表了题为“A telomere-to-telomere genome assembly of Zhonghuang 13, a widely-grown soybean ......