基因组 基因science老师
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
个人老师可直接使用的在线授课软件
Flat 在线教室 —— 个人老师可直接使用的在线授课软件，开箱即用。前后端完全开源，快速搭建简约美观的在线教室。支持 Web 端、Windows 客户端与 macOS 客户端。 ......
Science-化学英语基础：元素周期表与基本化合物命名
https://zhuanlan.zhihu.com/p/478675889?utm_id=0#:~:text=物质的分类 - Classification of Matter 注意： 本文涉及的内容在高等院校化学专业有专门的 《化学专业英语》课程，因此本文主要面向从高中毕业或更早就要前往英语国家学 ......
基因组序列比对（read alignment）
基因组序列比对（read alignment）技术，是将测序得到的read与已有的参考基因组进行比对，找到read与参考基因组匹配的对应位置，继而得到序列比对的详细结果。 由于参考基因组碱基数极多，测序得到的read数据量极大，且测序的DNA序列中存在各种碱基变异和测序错误，因此不能直接将read与 ......
Inferring Developmental Trajectories and Causal Regulations with Single-cell Genomics用单细胞基因组学推断发育轨迹和因果规则
Inferring Developmental Trajectories and Causal Regulations with Single-cell Genomics Development is commonly regarded as a hierarchical branching pro ......
宏基因组测序相比于16S等测序技术的优势
宏基因组测序相比于16S rRNA基因测序技术有几个主要的优势： 全面性：宏基因组测序提供了对整个微生物群落基因组的综合视角，而不仅限于16S rRNA基因。这意味着它能够捕捉到更广泛的微生物多样性，包括细菌、古菌、真菌以及病毒。 功能信息：宏基因组测序不仅能够鉴定微生物群落中的物种，还能提供关于它 ......
基因组变异分析
基因组变异分析 基因组变异是指与参考序列相比,基因组中发生的单碱基变异、DNA序列片段插入、缺失、扩增和复杂结构变异等。 目前基于测序方法进行单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）、短的插入缺失（Insertion-Deletion, InDel）等 ......
易基因：动脉粥样硬化中的DNA甲基化和组蛋白修饰及其表观遗传治疗视角｜综述
动脉粥样硬化（Atherosclerosis, as）是一种以动脉血管壁炎症和斑块积聚为特征的血管病变，是大多数心血管疾病的重要病因。除了脂质沉积和慢性炎症外，越来越多的证据表明表观遗传修饰与动脉粥样硬化越来越相关，并从治疗和生物标志物的角度都很有意义。本文就DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰在动脉粥样 ......
跟着王洋老师学编程 - 1.4 飞行的小球
一、我的思路 画一个窗体，并设定大小 准备一个画布，并将画布添加至窗体 在画布上用paint方法实现小球的运动 —— 用一个for循环，小球x轴不变，先画一个球，然后改变画笔颜色与背景色相同，在原位置上再画一个小球；改变小球Y轴坐标，改变画笔颜色，在新的位置重新画小球，循环直到Y轴坐标达到窗体最大值 ......
前端学习笔记DAY2 HTML5基础（2）（b站pink老师）
二.HTML标签 4.HTML常用标签 4.1 标签语义 学习标签的重点是记住每个标签的语义。就是指标签的含义，即这个标签是用来干嘛的。 根据标签的语义，在合适的地方给一个最为合理的标签，可以让页面结构更清晰。 ※4.2 标题标签 <h1> - <h6> HTML 提供了 6 个等级的网页标题，即< ......
D. 相似基因 - 2023HBUCM程序设计竞赛
题面 p哥作为一名湖中医信息工程学院的同学，不仅对信息有兴趣，同时对生物也很有兴趣。相信大家从初高中生生物基本知识都知道，DNA基因可以看作一个碱基对序列。它包含了 \(4\) 种核苷酸，简记作 \(A,C,G,T\)。现在假设想计算两个基因的相似程度，相似度的计算方法如下： 对于两个已知基因，例如 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A RNA甲基化以ABA依赖性方式调控草莓果实成熟
DNA甲基化等表观遗传标记在调控不同成熟阶段果实成熟中起着关键作用。m6A甲基化已被证明可以调控番茄成熟，但目前尚不清楚 mRNA m6A甲基化是否对不同类型水果的成熟调控具有功能保守性。 2021年6月，中国科学院植物研究所秦国政研究组在《Genome Biology》杂志发表题为“N6-meth ......
前端学习DAY1 HTML5基础（1）（b站pink老师）
一、HTML简介 1.网页 1.1 什么是网页 网站是网页的集合，网页是网站中的一“页”（构成网站的基本元素）。 网页由图片、链接、文字、声音、视频等元素构成，通常是HTML格式的文件（.htm.或html后缀），通过浏览器来阅读。 1.2 什么是HTML HTML (超文本标记语言)，它是用来描述 ......
生信大神李恒综述：T2T时代的基因组组装
目录影响组装的基因组特性长读长和长范围（long-range）测序技术近T2T基因组组装核心组装算法评估序列组装李恒的观点 生信领域大神李恒今年发在预印本上的一篇综述：Genome assembly in the telomere-to-telomere era，小编总结下要点。 影响组装的基因组特 ......
美国乔治亚大学李增禄教授最新报告《基因组预测加速遗传增益》
目录 这是美国乔治亚大学（University of Georgia）李增禄教授在山东农业大学做的一场最新报告。李教授主要从事大豆高产、优质、抗病虫育种，大豆遗传资源鉴定、利用及创新，目标性状基因定位，分子育种方法的开发和利用、基因组选择等研究工作。 关于李教授：https://cropsoil.u ......
又双叒叕一个大豆T2T基因组发表了
目录基本信息背景方法结果碎碎念 前不久才刚总结完大豆T2T基因组：哪个才是首个（中国）大豆的T2T基因组版本？，谁能想到最近又出来一个大豆品种Jack的T2T基因组。 基本信息 标题: A complete reference genome for the soybean cv Jack (大豆品种 ......
Mol Plant | 黄学辉等教授综述植物泛基因组及其应用
目录摘要泛基因组的重要性植物泛基因组的主要结构变异（SV）驱动力植物泛基因组的发展植物泛基因组应用育种 今日分享一篇去年底今年初发表的植物泛基因组综述，作者史俊鹏、田志喜、赖锦盛、黄学辉，全员大佬。 该文详细介绍了植物泛基因组的概念、研究进展和应用。 摘要 植物基因组高度多样化，很大一部分序列在不同 ......
NAR | 华大和上海师范大学开发的基因组选择平台CropGS-Hub
目录主要内容小编碎碎念 几个月前就听说华大万物联合上海师范大学开发了基因组选择的工具CropGS，一直比较好奇。近日文章已经发表见刊，得以一窥究竟。 主要内容 以往的作物GWAS数据库集中在表型和基因型之间的关联，只有少数数据库充分利用表型和基因型资源来构建和托管农艺性状的基因组预测模型。如NHGR ......
生物信息学与生物医学科学国际会议 (Inthernational Conference on Bioinformatics and Biomedical Science, ICBBS)
。 01 会议介绍 生物信息学与生物医学科学国际会议 (Inthernational Conference on Bioinformatics and Biomedical Science, ICBBS) 每年举办一届，此前已在厦门 (线上)、北京、深圳、曼谷、吉隆坡、哥本哈根、巴厘岛、新加坡成功举 ......
易基因：人早期胚胎发育的表观遗传调控（染色质重塑+组蛋白修饰+DNA甲基化）｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物发育研究促进了对协调胚胎发生遗传、表观遗传和细胞过程的理解，并揭示了对人类胚胎发生特异性新见解。最近研究生成了人类早期胚胎发生的第一个表观遗传学图谱，激发了关于表观遗传学重编程、细胞命运调控以及支撑人类胚胎发育可塑性的潜在机制新 ......
老师与学生互动的课堂游戏推荐，让每节课都充满乐趣！
良好的课堂气氛可以让学生们用于参与问答，这提高的学生们的学习意向，也让班级氛围更加融洽了，本次分享一些可以帮助提高班级氛围的课堂游戏，老师们可以来看看。 猜谜游戏：老师准备一些谜语，让学生猜答案。这个游戏可以帮助学生放松，同时也可以锻炼他们的思维能力。 单词接龙：老师给出一个单词，学生需要用前一个单 ......
教师如何做好立德树人，做到这几点，成为立德树人的好老师！
立德树人也就是树立德业，培养人才，这是作为老师的基本工作，但是真正能做到这一点并不算那么容易的，那么如何才能做好立德树人呢？具备以下这几点的话，你也可以做到！ 作为老师，要更好地完成立德树人的使命，以下特点是非常重要的： 良好的道德品质：作为老师，必须具备高尚的道德品质，包括良好的言行举止、诚实守信 ......
跟着王洋老师学编程 - 1.3 满天星星
编写程序，以窗体形式实现“满天星星” 代码一 1 import java.awt.Frame; 2 import java.awt.Color; 3 import java.awt.Panel; 4 import java.awt.Graphics; 5 public class StarSky{ ......
得到差异表达基因后怎么做
不管芯片数据还是测序数据，得到的差异表达基因DEGs都是独立的基因，如果直接对这些基因分析叫单基因分析，这种分析会有很多弊端，比如： 因为噪音的存在，结果本身就是不可靠的 因为对DEGs个人取舍条件的不同，也会造成结果不可靠 工作量增大 只关注单个基因而忽视基因之间的相互作用，这就很难揭示具体生物学 ......
易基因：ChIP-seq等揭示SETD2介导H3K36me3调控结直肠癌进展的表观遗传机制｜CTM研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 结直肠癌(Colorectal cancer，CRC)是一种复杂的多阶段疾病，由基因突变和表观遗传改变相互作用引起。组蛋白H3K36三甲基转移酶SET结构域2 (SETD2)是一种表观遗传信号分子，在结直肠癌中突变率为5%。SETD2在 ......
易基因：人精子H3K4me3 ChIP-seq和DNA甲基化WGBS揭示与生育和发育相关重叠区域
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 目前，六分之一的夫妇患有不孕不育，其中多达一半的病例由男性因素引起，在过去的40年中，精子数量下降了50%。尽管导致精子质量和数量下降的因素知之甚少，但环境-表观基因组相互作用是可能的。暴露于有毒物质、饮食和 BMI 升高与精子表观基因 ......
16-有参转录组实战2-将批量转录组比对到基因组上
#1，我们先下载毛果杨的基因组文件和GFF注释文件，自己去NCBI下：（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000002775.5/），选Genbank的。 #2，我们将GFF文件和genomic.fna文件上传到服务器，并重命名下，Pt ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制｜研究速递
双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中，双膦酸盐类药物已经引起了严重的副作用。 m6A甲基化在骨代谢疾病 ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中， ......