甲基 生物学 癌症 基因
易基因：2023年植物表观转录组研究的最新进展（m6A+m5C）｜深度综述
大家好这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 被称为表观转录组（epitranscriptome）的RNA修饰正成为基因调控的广泛调控机制。由于绘制转录组范围RNA修饰测序策略的改进，以及分别对沉积、去除和识别RNA修饰的writers、erasers和readers密集表征，表观转 ......
02Prodigal基因预测
1、简介 Prodigal是为细菌和古菌基因组进行蛋白编码基因预测的软件 ,其缩写源于PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm,表示原核生物基因预测的动态规划算法。 最早在2007年，在美国能源部联合基因组研究所(DOE)的支持下，由 ......
机器学习预测给定生物DNA序列是编码序列还是非编码序列
在生物学中，DNA序列通常指非编码序列，因为DNA是生物体内存储基因信息的一种生物大分子，具有一定的生物学特性和结构。然而，基于DNA序列的机器学习预测可以包括编码和非编码序列的任务。以下是一些基于DNA序列的机器学习应用： 应用于非编码DNA序列的机器学习模型： 基因预测：使用机器学习算法预测非编 ......
利用snpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细方法
利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中，在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释，对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件，snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释，使用时需要先进行安装，然后构建参考基因 ......
易基因：禾本科植物群落的病毒组丰度/组成与人为管理/植物多样性变化的相关性 | 宏病毒组
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 现代农业通过简化生态系统、引入新宿主物种和减少作物遗传多样性来影响植物病毒的出现。因此，更好理解农业生态中种植和未种植群落中的病毒分布，以及它们之间的病毒交换至关重要。2023年03月14日，《Microbiol Spectr》杂志发表 ......
易基因：ChIP-seq等揭示热休克转录因子A1b调控植物高温胁迫响应的分子机制｜应激反应
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在拟南芥中，热休克转录因子A1b（HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b，HSFA1b）通过影响种子产量来调控对环境胁迫的抗性。HSFA1b是生殖适应性的决定性因素，这种调控机制怎么形成的呢？ 2018年， ......
高通量测序的数据处理与分析(二)--宏基因组2
博客原文 宏基因组数据处理方法 数据下载 wget下载 宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1. NCBI的SRA数据库，2. ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC 你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到 sra-exporter ......
Megahit基因组装
1、背景 每一个物种的参考基因组序列（reference genome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（英文名称为do novo genome assembly），最后还原测序物种的各条染色体的序列，即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日，杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》（IF: 9.995）杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
基因组坐标到转录本坐标转换——单碱基模式
今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......
从国家基因组科学数据中心下载数据
001、官方网站：https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口： 003、输入数据编号： 004、 005、 06、 linux下载说明 ......
宏基因组学是如何出现的？它的出现对微生物学领域有多大的改变？
宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 ......
易基因：全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较（MeDIP、RRBS和WGBS）| 研究综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb以内的区域（CpG shore ，CpG岛岸）、CpG岛岸上下游2kb以内的区域（ ......
使用Sentieon加速甲基化(WGBS)分析
全基因组甲基化测序(WGBS)是一种研究DNA甲基化的方法，以全面了解在基因组水平上的表观遗传变化。在进行WGBS数据分析时，通常需要使用专门的比对工具，因为这些工具需要能够处理亚硫酸盐转化后的数据。 以下是四个不同的WGBS比对分析流程： Bismark：Bismark是一个基于Bowtie2或H ......
毅硕科技携手Sentieon独家赞助第21届亚太生物信息学大会（APBC 2023）
APBC介绍 亚太生物信息学大会（Asia Pacific Bioinformatics Conference, APBC）是一年一度的行业国际盛会，汇聚区域间生物信息学领域的学者、研究人员和产业领导者，共同探讨生物信息学领域的研究进展、技术发展和应用创新。自2003年开始，APBC在亚太地区已成功 ......
高通量测序的数据处理与分析指北(二)-宏基因组篇
宏基因组篇 前言 之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等 ......
生物识别技术的新突破：人脸识别与指纹识别的精度与速度提升
近年来，随着科技的不断发展，生物识别技术也得到了快速的发展。其中，人脸识别和指纹识别技术是最为常见的两种生物识别技术。在过去，这两种技术的精度和速度都存在一定的问题，但是最近的研究表明，这两种技术已经取得了新的突破，精度和速度都得到了显著提升。 首先，让我们来看看人脸识别技术。人脸识别技术是一种通过 ......
风电-光热-生物质混合电站鲁棒优化调度模型
风电-光热-生物质混合电站鲁棒优化调度模型 摘要：为解决混合电站参与电力市场运行问题，从混合电站的结构及运行机理出发，提出了电力市场下风电-光热-生物质混合电站鲁棒优化调度模型。 该模型以最大化运行利润为目标函数，考虑了混合电站参与电力市场所获收益、并网运行环境效益、弃风弃光惩罚成本、各组成部分运行 ......
生物识别技术的新突破：人脸识别和指纹识别的进一步应用
生物识别技术是一种通过对人体生物特征进行识别来验证身份的技术。在过去的几年中，人脸识别和指纹识别已经成为了生物识别技术的两个主要应用领域。随着技术的不断发展，这两种技术的应用范围也在不断扩大。 人脸识别技术是一种通过对人脸特征进行识别来验证身份的技术。它可以通过摄像头捕捉到的人脸图像来进行识别。 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
易基因：METTL3介导的m6A甲基化谱调控肌肉干细胞成肌细胞状态转换｜发育分化
2020年9月29日，《Cell Death Discovery》（IF: 7.109）杂志发表了题为“A defined N6-methyladenosine (m6A) profile conferred by METTL3 regulates muscle stem cell/myoblast ......
生物技术在医疗领域的应用
随着科技的不断发展，生物技术在医疗领域的应用越来越广泛。生物技术是指利用生物学、化学、物理学等多学科知识，通过对生物体的分子、细胞、组织、器官等进行研究和改造，以达到治疗疾病、改善人类生活质量的目的。 生物技术在医疗领域的应用主要包括以下几个方面： 1. 基因治疗 基因治疗是指通过改变人体细胞的 ......
单细胞转录组分析新篇章：挖掘人类胚胎基因表达的神秘密码
在这份报告中，我们使用了更新的Scanpy软件包对同一数据集（GEO number GSE109555）单细胞数据进行分析。相较于鄙人2021年发表的论文《Gene expression pattern of trophoblast-specific transcription factors in ......
易基因：群体分析揭示了DNA甲基化在番茄驯化和代谢多样性中的作用｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年3月23日，海南大学三亚南繁研究院/热带作物学院博士研究生郭昊等为第一作者、王守创教授为通讯作者在《Science China Life Sciences》杂志发表题为“Population analysis reveals ......
生物医学信息学的重要性和应用领域
生物医学信息学是一个跨学科领域，它结合了生物学、医学、信息学、计算机科学等多个学科的知识和技术。生物医学信息学的重要性主要体现在以下几个方面： 1.2.1 提高研究效率 生物医学信息学的方法和技术可以帮助研究人员更快速、更准确地分析和解释大量生物医学数据，从而提高研究效率。例如，基因组学中的基因预测 ......
保护隐私安全，移动端生物识别技术成新宠
移动信息技术的不断发展，越来越多的人使用手机进行日常生活和工作中的各种操作，如支付、网购、社交等。这也带来了移动安全问题的挑战。为了解决这些问题，移动端生物识别技术应运而生，成为当前移动安全技术的新宠。 一、生物识别技术的基本原理 生物识别技术是指通过对人体生理特征或行为特征进行识别，验证其身份的技 ......
对眼，傻是遗传与基因的问题吗
今天是4月5日，因老家旧房子翻新装修，陪我的母亲去逛石材店铺，在城中村的一家石材店铺，见到一位1米5的老板，挺着大肚子，衣衫不整，他的家中破败不堪，似窝棚搭起的房子中，用纸隔板隔离出了几个房间，他家有3个儿子，无一例外每个儿子都是对眼儿，更有甚至，其中的2个儿子明显傻乎乎的，行为举止有异于常人。 如 ......
生物医学信息学的起源与发展
生物医学信息学（Bioinformatics）是一门研究生物学信息的学科，它起源于20世纪50年代，随着分子生物学的发展，生物医学信息学逐渐成为一门独立的学科。它的发展历程可分为几个阶段： 早期阶段（20世纪50-60年代） 这一阶段的生物医学信息学主要集中在对生物学信息的收集、整理和分析。1953 ......
P3886 [JLOI2009]神秘的生物
第一次接触连通块的插头dp 用最小表示法表示每个连通块，由于数据范围知道连通块最多为5个，所以用8进制即可 状态转移照模板推一推 需要注意的是对于上面来的连通块如果不连通的话需要考虑其是否还有其它地方与下方相连，如果没有则必须在此点往下相连，否则上方那个连通块将被孤立，不符合题意 但是左边而来的连通 ......