表观 纳米pacbio
易基因｜全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 众所周知，衰老会对肝脏再生产生影响。随着时间的推移，肝脏再生能力显著下降。肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。那么DN ......
易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 双生病毒（Geminiviruses）是一种DNA植物病毒，可引起影响全球作物的高度破坏性疾病。在感染过程中，双生病毒调控细胞过程，抑制植物防御，并导致感染细胞的大量重编程，导致整个植物稳态重大变化。测序技术进步允许大规模同时分析病毒感 ......
2.3T NPU强势登场！NXP i.MX 8M Plus开启工业新篇章，14纳米！
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PacBio long-read error correction algorithms
为了更深入了解纠错策略，以下是一些相关的研究论文，供您参考： 纠错策略的相关研究综述：该综述对国内外专家多年来关于错误和纠错相关理论的研究进行了总结和归纳。其中包括错误分析的相关研究（错误的定义、错误产生的原因、错误的类型）、纠错的相关研究（纠错的定义、纠错的意义、纠错策略、纠错时机）、国内外有关纠 ......
PacBio长读纠错算法主要包括以下几种：
PacBio长读纠错算法主要包括以下几种： 1. LoRDEC：该算法使用短读序列对长读进行纠错，通过比对短读到长读上，利用短读的高质量信息对长读中的错误进行校正[10]。 2. Proovread：Proovread算法通过比对短读到长读上，利用短读的高质量信息对长读中的错误进行校正，同时还利用长 ......
以下是几种常见的PacBio长读纠错算法分类
PacBio长读纠错算法可以根据不同的方法和策略进行分类。根据已有研究文献的描述，以下是几种常见的PacBio长读纠错算法分类： 1. 基于短读段的纠错算法：这类算法将同物种的短读段比对到长读段上，并利用能够比对上的、且错误率低的短读段来进行错误纠正[5]。 2. 基于短读段组装的纠错算法：这类算法 ......
易基因：动脉粥样硬化中的DNA甲基化和组蛋白修饰及其表观遗传治疗视角｜综述
动脉粥样硬化（Atherosclerosis, as）是一种以动脉血管壁炎症和斑块积聚为特征的血管病变，是大多数心血管疾病的重要病因。除了脂质沉积和慢性炎症外，越来越多的证据表明表观遗传修饰与动脉粥样硬化越来越相关，并从治疗和生物标志物的角度都很有意义。本文就DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰在动脉粥样 ......
易基因：人早期胚胎发育的表观遗传调控（染色质重塑+组蛋白修饰+DNA甲基化）｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物发育研究促进了对协调胚胎发生遗传、表观遗传和细胞过程的理解，并揭示了对人类胚胎发生特异性新见解。最近研究生成了人类早期胚胎发生的第一个表观遗传学图谱，激发了关于表观遗传学重编程、细胞命运调控以及支撑人类胚胎发育可塑性的潜在机制新 ......
易基因：ChIP-seq等揭示SETD2介导H3K36me3调控结直肠癌进展的表观遗传机制｜CTM研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 结直肠癌(Colorectal cancer，CRC)是一种复杂的多阶段疾病，由基因突变和表观遗传改变相互作用引起。组蛋白H3K36三甲基转移酶SET结构域2 (SETD2)是一种表观遗传信号分子，在结直肠癌中突变率为5%。SETD2在 ......
易基因：RRBS等揭示DNA甲基化-肿瘤免疫逃逸-肾上腺皮质癌侵袭的相关性｜表观研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 肾上腺皮质癌（Adrenocortical carcinoma，ACC）是一种罕见的侵袭性肾上腺内分泌癌。在肾上腺皮质癌中，最近研究表明以CpG岛甲基化表型(CpG island methylator phenotype，CIMP)为特 ......
易基因：ChIP-seq等揭示BRWD3调控KDM5活性以维持H3K4甲基化水平的表观机制｜PNAS
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白修饰对调控染色质结构和基因表达至关重要，组蛋白修饰失调可能导致疾病状态和癌症。染色质结合蛋白BRWD3（Bromodomain and WD repeat-containing protein 3）是Cul4-DDB1 E3泛素连 ......
[GAA系列]详解台积电2纳米制程中的全环绕栅极（Gate-All-Around）晶体管技术
Section Ⅰ 半导体技术发展史的本质就是晶体管尺寸的缩小史。从上世纪七十年代的10微米节点开始，遵循着摩尔定律一步一步走到了今天的5纳米。在这一过程中，每当摩尔定律遭遇困境，总会有新的技术及时出现并引领着摩尔定律继续前行。自22纳米节点上被英特尔首次采用，鳍式场效应晶体管（FinFET）在过去 ......
易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组
1、原核甲基化 原核生物中的DNA甲基化 原核生物甲基化为什么基于三代测序？ 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。 细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不 ......
易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案 | 原核三代甲基化+转录组
1、原核甲基化 原核生物中的DNA甲基化 原核生物甲基化为什么基于三代测序？ 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。 细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不 ......
易基因：基于类器官的转录和表观基因组分析揭示肠上皮成熟的关键调节因子｜Science子刊
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 胎儿肠道经历巨大的扩张和重塑，在发育过程中形成初级绒毛和连续的绒毛间隙。绒毛形成后，相同潜能的上皮祖细胞（equipotent epithelial progenitors）产生功能明确的成体干细胞（adult stem cells，A ......
易基因｜ONT：三代原核甲基化在痤疮杆菌噬菌体表观遗传印迹中的工程选择性研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 痤疮表皮杆菌（Cutibacterium acnes，C.acnes）是一种革兰氏阳性细菌，是人类皮肤微生物组成员。尽管是最丰富的皮肤共生体，但某些成员与常见的炎症性疾病（如痤疮）有关。各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定 ......
2. MGI Pacbio ONT 测序原理
本人的生物只有高中且4年没碰的水平,如果涉及生物的笔记没写对请见谅. 1. 总览 2. MGI 测序原理 MGI属于华大智造的专利技术,同样是用于测序.在解决下面三个问题上使用了不同的方法. (1) 如何区分不同碱基:这里可以看作一致,是相似的技术. (2) 荧光微弱:滚环扩增,形成DNA纳米球.要 ......
易基因直播预告｜细菌微生物基因表达调控表观研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是在半个多世纪前在细菌中发现的。DNA碱基可以作为一个表观遗传调节因子——也就是说，它可以赋予相同的基因序列不同的和可逆的调控状态。在真核生物中，表观遗传调控可以发生在多个水平上：DNA甲基化、核小体定位、组蛋白变异和组蛋白 ......
易基因：MLL1/DNA低甲基化介导子宫肌层干细胞发育重编程的表观遗传机制｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 子宫肌瘤（uterine fibroids，UF）是生殖系统最常见的良性肿瘤，也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高，但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明，发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关，当发育 ......
PacBio long read error correction
PacBio长读错误校正算法有多种，每种算法都具有各自的优点和缺点。以下是常用的几种算法及其特点： Pacific Biosciences (PacBio) SMRT Analysis软件套件： - 优点：PacBio提供了一套完整的错误校正工具，包括PacBioToCA、Quiver、Arrow等 ......
易基因：ChIP-seq等揭示转录因子NRF1调控原始生殖细胞发育、增殖和存活的表观遗传机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 原始生殖细胞（Primordial germ cell，PGC）是生殖细胞前体，可以产生卵母细胞和精子，确保生命延续。尽管PGC特化（PGC specification）得到广泛研究，但PGC种群在出生前迁移到胚胎性腺后如何维持和扩大仍 ......
易基因8种表观转录组m6A MeRIP-seq的差异甲基化区域（DMR）分析软件比较 | 生信专区
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RNA甲基化是近年来研究基因表达调控转录后变化的重要研究领域，包括N6-甲基腺苷（m6A）在内的各种类型RNA甲基化参与人类疾病发展。MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术，拓展了RNA表观遗传学研究 ......
易基因：ChIP-seq等揭示H3K4me1修饰在蜜蜂级型分化中的表观遗传调控机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 蜜蜂是一种真社会性昆虫，是研究社会性昆虫级型发育和级型分化的重要模式生物，其分工主要基于级型分化（蜂王(queen)和工蜂(worker)）。分化后，尽管基因组相同，但蜂王和工蜂具有不同的形态、生理、行为和寿命相关特征，级型分化的背后机 ......
易基因｜表观遗传学与脑卒中：DNA甲基化的作用及衰老对血脑屏障修复的影响
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 脑卒中（俗称中风）是导致死亡和长期残疾的主要原因，尤其是对于老龄人来说。脑卒中的平均生存时间为6-7年，许多患者存在身体残疾和晚期认知功能障碍。脑卒中后的神经功能预后取决于许多因素，包括年龄、梗死面积和部位、遗传因素以及脑修复程度。脑卒 ......
易基因：ChIP-seq等揭示METTL14调控哺乳动物二价结构域的表观遗传机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白及其翻译后修饰在调控基因表达和其他染色质模板化过程中起着重要作用。组蛋白H3赖氨酸4三甲基化（H3K4me3）和组蛋白H3K27me3分别在小鼠植入前胚胎的基因激活和基因抑制中发挥重要作用。H3K4me3和H3K27me3组成的染 ......
非对称纳米通道的整流特性研究及其在DNA检测中的应用
非对称纳米通道的整流特性研究及其在DNA检测中的应用 石晓雨 西北大学 摘要：纳米通道单分子检测技术具有方法简单、无需标签、实时监测的优点,在生物、化学领域受到广泛关注。与生物纳米通道相比,固态纳米通道孔径尺寸和形状可调,在各种条件(p H值、温度、浓度等)下均具有出色的热稳定性和化学稳定性,因此, ......
PacBio长read纠错算法的研究旨在提高PacBio长read序列的准确性
PacBio长read纠错算法的研究旨在提高PacBio长read序列的准确性，以支持更精确的基因组组装和生物信息学分析。以下是一些已经发表的研究论文： 1.‘PacBio error correction using second generation sequencing data’，作者 Li ......
第三代PacBio长read纠错算法
第三代PacBio长read纠错算法是指能够对PacBio Sequel或者PacBio RS II仪器所产生的长read数据进行纠错的算法。这些算法的主要目的是减轻PacBio长read数据中的错误率以及标记错误（例如过度甲基化）。根据不同的研究方法，第三代PacBio长read纠错算法主要分为以 ......
第三代 PacBio 长read 纠错算法主要包括以下几个方向：
第三代PacBio长read纠错算法是指基于单分子实时（SMRT）测序技术的 PacBio 平台产生的长 read 数据，对这些数据进行错误校正所采用的算法。相比于第二代测序技术，PacBio长read数据具有更长的 reads 长度和更低的基础错误率，但仍然存在一定程度的随机误差和缺失等问题，需要 ......