基因 高中 生物
易基因： DNA甲基化差异水平分析中的DMC、DMR、DMG鉴定 | 干货分享
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量 ......
SNP位点前后各50kb区间的基因
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农村高中生源转型期提升学生二次函数建模能力的课堂探究
在培养农村高中生利用二次函数模型构建来对数学问题进行分析及求解意识的基础上，为了进一步锻炼学生的模型建构能力，帮助他们可以突破实际问题求解中的具体含义及意义，快速找到求解实际问题中的关键突破口，以及二次函数模型建构的视角与思维，这时候还要在数学教学中有计划地渗透二次函数建模能力培养意识及思维，保证可 ......
常用的生物医学科研工具合集
常用的医学分析和科学绘图合集 专业的医学分析和科研绘图在医学研究、临床实践和教育培训中起到重要的作用，可以提高医学专业人员的工作效率和决策质量，同时也促进医学科学的发展和进步。 详细的资源及不停更地址： 科研常用资源合集 Fiji ImageJ Fiji自动包含了各种有用的插件，而ImageJ1需要 ......
基于ads1299生物电信号采集研发总结之参考信号的接法
一 概念 ads1299的电极端有两种采集方式，单端和差分。两种的使用方式又有很大的区别，怎么高质量的采集信号，这个是一个比较难的问题。 二 解析 参考信号SRB1的接法，决定了采集到数据的精确度和信号质量，这里以前也没注意，经过一些测试和总结，发现了一些规律。反过来推断，还是基础知识有盲点，文档上 ......
单细胞生物学基础大型语言模型scGPT
生成式预训练模型在自然语言处理（NLP）和计算机视觉等领域取得了显著的成功。 文本是由文字组成的，细胞可以用基因来表征。 NLP 和单细胞生物学之间的另一个核心相似之处是，用于训练的公开可用的单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的规模庞大且不断增长。 NLP 模型是否也能理解单细胞生物学的 ......
生物英语
1、allele又作allelomorph： 等位基因 一般指位于一对同源染色体的相同位置上控制着相对性状的一对基因。 对同源的理解，不是指同源于某一生物个体，而是来源于某一个共同祖先DNA序列的基因 同源（基因）：指遗传上来自于某一共同祖先DNA序列的基因。但我认为除了同一祖先，还需加上，形态结构 ......
分面火山图--分别展示top25的基因
点击查看代码 ``` object.markers 0.15) #所有差异基因 #View(sig_dge.all) library(dplyr) object.markers % filter(p_val_adj % mutate(Difference = pct.1 - pct.2) libra ......
易基因： RRBS揭示基于DNA甲基化驱动基因的肾透明细胞癌预后模型的鉴定和验证｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 肾细胞癌（RCC）是最常见的肾癌亚型，每年超400万例新发病例，是泌尿系统恶性肿瘤导致的第二大死因。2%-70%的RCC为透明细胞RCC（Clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）。DNA甲基化（DNA ......
会议记录——南开大学胡献刚教授：基于环境大数据分析的生物固碳作用研究
会议报告了机器学习方法在生物固碳两个方面的应用：海洋浮游植物固碳和高等植物生长，分享了在这两个方面所使用的机器学习方法和模型。 ......
GSVA | 基因集变异分析 | 基因集通路打分
前作 转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统 | PROGENy 基于基因表达的打分模型 几种常见的打分方法： mean，最简单 Seurat的AddModuleScore，多了一个背景基因集，消除背景的影响，没什么意义，相当于设置了一个House keeping g ......
易基因｜表观遗传学与脑卒中：DNA甲基化的作用及衰老对血脑屏障修复的影响
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 脑卒中（俗称中风）是导致死亡和长期残疾的主要原因，尤其是对于老龄人来说。脑卒中的平均生存时间为6-7年，许多患者存在身体残疾和晚期认知功能障碍。脑卒中后的神经功能预后取决于许多因素，包括年龄、梗死面积和部位、遗传因素以及脑修复程度。脑卒 ......
Inducible shRNA | 可诱导的shRNA基因敲除技术
前言 什么是siRNA，什么是shRNA？Small interfering RNA (siRNA)，Small hairpin RNAs (shRNA) 什么是可诱导shRNA？ 该系统工作的核心原件有哪些？Dicer、Ago、RNA-Induced Silencing Complex (RISC ......
PCR Genotyping | 利用PCR来确定基因型
前面已经利用了PCR做了一些核心的实验： 目标区域扩增 实时定量mRNA 这里的目的还是目标区域扩增，不过material不再是细菌DNA，而是human cancer cell line的DNA（只需要几千细胞即可）。 Kits和protocol： 2X Phire Tissue Direct P ......
为什么要研究Nipponbare NRT1.1Bjaponica和Nipponbare NRT1.1Bindica的根系微生物群落差异？
研究Nipponbare NRT1.1Bjaponica和Nipponbare NRT1.1Bindica的根系微生物群落差异有助于我们更好地了解NRT1.1B基因对水稻根系微生物群落的影响。Nipponbare NRT1.1Bjaponica和Nipponbare NRT1.1Bindica是两个 ......
为什么要研究籼稻和粳稻亚种根系微生物群的差异？
研究籼稻和粳稻亚种根系微生物群的差异有助于我们更好地了解水稻根系微生物群落的组成和功能。这些微生物与水稻植株有着密切的相互作用，能够影响水稻的生长发育、养分吸收和抗病能力。通过比较不同亚种根系微生物群的差异，我们可以发现哪些微生物在不同亚种中起到重要作用，为水稻栽培和育种提供重要参考。 ......
易基因：近期染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）研究成果｜项目集锦
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在生物学研究中，DNA与蛋白质之间的互作（DNA-Protein Interactions，DPIs）是至关重要的，参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程，几乎涉及所有的生命活动。本期以科研内容为序 ......
Note of Introduction to Bioorganic Chemistry and Chemical Biology: Part 1 (《化学生物学》读书笔记：第一部分)
## Chapter 1: The Fundamentals of Chemical Biology (第 1 章 化学生物学基础) ### 1.0 INTRODUCTION (引子) #### 1.0.1 Why organize a book on chemical biology around ......
根据SRA号和参考基因组统计测序的X数
以SRR1770413 为例： 001、测序的碱基数目 测序碱基数目为：387.2M。 002、参考基因组的大小 a、下载参考基因组，并统计基因组的大小 [root@PC1 test01]# ls GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz [root@PC1 t ......
如何统计参考基因组的大小
以绵羊为例： 001、下载绵羊参考基因组 a、 b、 [root@PC1 test02]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/772/045/GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0/GCF_01677 ......
U-Net: 专注生物医学分割的卷积神经网络（翻译）
>原文链接：https://arxiv.org/pdf/1505.04597.pdf **摘要：**普遍认为，优秀的深度神经网络离不开数千个标注训练样本。在本文中，我们提出了一种网络和训练策略：该策略通过使用大量数据增强，从而充分利用带标注的训练样本；该网络结构包括了用于捕获上下文的收缩路径和用于实 ......
生物识别技术在安全领域中的应用：保护个人信息
[toc] 生物识别技术在安全领域中的应用：保护个人信息 随着科技的不断发展，生物识别技术逐渐成为人们日常生活中不可或缺的一部分。生物识别技术通过扫描或检测生物特征，实现身份验证、授权和管理的功能，可以有效地保护个人信息和隐私安全。本文将详细介绍生物识别技术在安全领域中的应用及其特点，旨在为读者提供 ......
机器学习算法在生物信息学中的应用
[toc] 生物信息学是一门跨学科的科学，涵盖了生物统计学、生物信息学、计算机科学、统计学和数学等多个学科，主要研究生物信息学数据库的设计、开发、维护和管理，以及生物信息学算法的实现和优化等方面的知识。随着科技的不断发展，生物信息学在科学研究和生物技术领域中的应用越来越广泛，已经成为一个非常重要的研 ......
易基因：ChIP-seq等揭示METTL14调控哺乳动物二价结构域的表观遗传机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白及其翻译后修饰在调控基因表达和其他染色质模板化过程中起着重要作用。组蛋白H3赖氨酸4三甲基化（H3K4me3）和组蛋白H3K27me3分别在小鼠植入前胚胎的基因激活和基因抑制中发挥重要作用。H3K4me3和H3K27me3组成的染 ......
植物全基因组选择（GS）研究进展
[toc] > 徐扬老师综述得很到位，读完此文基本能对目前植物GS有个大概的了解。  类似，做一个 trie 上的二维 dp，复杂度 ......