表观 干细胞 甲基 子宫
易基因｜ONT：三代原核甲基化在痤疮杆菌噬菌体表观遗传印迹中的工程选择性研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 痤疮表皮杆菌（Cutibacterium acnes，C.acnes）是一种革兰氏阳性细菌，是人类皮肤微生物组成员。尽管是最丰富的皮肤共生体，但某些成员与常见的炎症性疾病（如痤疮）有关。各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定 ......
易基因直播预告｜细菌微生物基因表达调控表观研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是在半个多世纪前在细菌中发现的。DNA碱基可以作为一个表观遗传调节因子——也就是说，它可以赋予相同的基因序列不同的和可逆的调控状态。在真核生物中，表观遗传调控可以发生在多个水平上：DNA甲基化、核小体定位、组蛋白变异和组蛋白 ......
拟南芥Sec14蛋白(SFH5和SFH7)介导磷脂酸在细胞器间的转运，并调控叶绿体的发育
脂质在真核光合生物的叶绿体中建立了特殊的类囊体膜，然而，从其他细胞器向叶绿体传递脂质的分子机制仍需要进一步阐明。在这里，我们揭示了拟南芥Sec14同源蛋白AtSFH5和AtSFH7在从内质网（ER）传递磷脂酸（PA）到叶绿体中的结构基础，以及它们在调控叶绿体脂质组成和类囊体发育中的功能。AtSFH5 ......
易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation，RdDM)通路调 ......
探索神秘的细胞世界：我的旅程与洞见
在我的科学探索之旅中，我深入挖掘了神秘而令人着迷的细胞世界。我尝试了解这个微观世界的各种奇迹和困惑，从细胞的再生能力到细胞的可塑性和干细胞技术的潜力。下面，我将与你分享我在这次旅程中的见解和发现。 ## 神秘的神经细胞：更新与替换的奇迹 我首先探索了神经细胞的世界。我很惊讶地发现，与长期以来的科学共 ......
易基因：MLL1/DNA低甲基化介导子宫肌层干细胞发育重编程的表观遗传机制｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 子宫肌瘤（uterine fibroids，UF）是生殖系统最常见的良性肿瘤，也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高，但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明，发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关，当发育 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制｜植物抗逆
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 植物通过改变数千个基因的mRNA丰度以促进其生理和代谢过程，从而对低温应激进行响应。在转录后水平上，这些冷应激应答转录本经历可变剪接、microRNA介导的调控和可变多腺苷酸化等。最近研究表明，m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调 ......
5mC DNA甲基化介导茶树组织功能分化和重要风味物质合成调控｜植物研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在植物中，5mC DNA甲基化修饰（简称5mC甲基化）是一个重要而保守的表观基因标记，参与基因组稳定性、基因转录调控、发育调控、非生物胁迫响应、代谢物合成等多种调控。茶树（Camellia sinensis(L.)O.Kuntze）是一 ......
易基因：WGBS等揭示丹参甲基化表征及DNA甲基化在丹参酮生物合成中的调控机制｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 丹参（Salvia miltiorrhiza，S. miltiorrhiza）是一种具有重要经济价值和药用价值的模式药用植物，丹参的根会合成一组称为丹参酮（tanshinone）的二萜类亲脂性生物活性成分。丹参酮的生物合成和调控引起广泛 ......
易基因：全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哮喘（asthma）是儿童期最常见的慢性炎症性疾病，患病率2.6%~30.5%，儿童哮喘是世界范围内的一个主要健康问题。儿童哮喘是遗传和环境因素复杂互作结果，可导致表观遗传和免疫失调、气道炎症和肺功能受损。先前研究利用850K芯片对哮喘 ......
易基因：ChIP-seq等揭示转录因子NRF1调控原始生殖细胞发育、增殖和存活的表观遗传机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 原始生殖细胞（Primordial germ cell，PGC）是生殖细胞前体，可以产生卵母细胞和精子，确保生命延续。尽管PGC特化（PGC specification）得到广泛研究，但PGC种群在出生前迁移到胚胎性腺后如何维持和扩大仍 ......
三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容
王院长的报告涵盖了针对三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容。 在基因组组装算法方面，王院长分享了其团队在二代和三代测序数据基因组组装算法设计与分析方面的成果和突破。其中，针对长读长测序的高错误率以及错误分布不均匀等问题，王院长介绍了团队设计的一系列基因组组装和po ......
单细胞分析工具集 | 持续更新
镇楼综述： Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 最新的主流单细胞分析工具集 Milo Differential abundance testing on ......
易基因：m5C RNA甲基转移酶及其在癌症中的潜在作用机制｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近年来，5-甲基胞嘧啶（m5C）RNA修饰已成为通过编码和非编码RNA调控RNA代谢和功能的关键参与者。越来越多的证据表明，m5C可以调控RNA稳定性、翻译、转录、出核和切割，以及介导细胞增殖、分化、凋亡、应激反应和其他生物学功能。人的 ......
易基因：RNA-BS揭示叶酸调控神经干细胞m5C修饰和mRNA翻译机制｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 叶酸作为一种必需B族维生素，是一种具有重要生物学功能（包括DNA甲基化调控）的甲基供体。正常的神经发育和生理对细胞叶酸水平很敏感，而叶酸缺乏或过量都可能导致神经系统疾病。最近已有研究表明叶酸与哺乳动物线粒体中tRNA m5C修饰和翻译有 ......
单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建
这篇文章我们将介绍从geo数据库下载单细胞测序数据后，多种数据格式多样本情况下，如何读取数据并创建seurat对象。 本文主要结构： 一、数据下载 二、数据读取与seurat对象创建 - 单样本情况下各种格式数据的读取，读取后seurat对象的创建 - 多样本情况下各种格式数据的读取，读取后seur ......
易基因：单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinal vesicle，GV) 卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizing hormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和 ......
烧死10亿脑细胞的SQL长啥样？
## 1 前言 今天在生产中碰到了一个让我十分费解的 SQL，十分有趣。 ## 2 现象 SQL 很好复现，就是逻辑看起来有点唬人 ``` postgres=# create table test(id1 int,id2 int); CREATE TABLE postgres=# insert in ......
细胞（bfs）
#include<bits/stdc++.h> using namespace std; int dx[4]={1,-1,0,0}, dy[4]={0,0,1,-1}; int bz[100][100]={1},num=0; char s[100][100],ch; bool vis[100][10 ......
易基因8种表观转录组m6A MeRIP-seq的差异甲基化区域（DMR）分析软件比较 | 生信专区
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RNA甲基化是近年来研究基因表达调控转录后变化的重要研究领域，包括N6-甲基腺苷（m6A）在内的各种类型RNA甲基化参与人类疾病发展。MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术，拓展了RNA表观遗传学研究 ......
流式细胞术做细胞周期分析 | Cell Cycle Analysis by Flow Cytometry
属于几大functional assays中的一个： Negative-selection competition assay CTG - proliferation colony formation assay cell cycle xenograft 如果你要深入研究一个oncogene或者TS ......
易基因：ChIP-seq等揭示H3K4me1修饰在蜜蜂级型分化中的表观遗传调控机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 蜜蜂是一种真社会性昆虫，是研究社会性昆虫级型发育和级型分化的重要模式生物，其分工主要基于级型分化（蜂王(queen)和工蜂(worker)）。分化后，尽管基因组相同，但蜂王和工蜂具有不同的形态、生理、行为和寿命相关特征，级型分化的背后机 ......
易基因： DNA甲基化差异水平分析中的DMC、DMR、DMG鉴定 | 干货分享
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量 ......
FlowJo 10 for Mac激活安装包分享 (流式细胞分析软件)
FlowJo Mac版是Mac平台上的一款流式细胞分析软件，FlowJo Mac版可以分析所有的流式仪产生的数据，简单易用， 功能强大，已经被领域内优秀的科学家，实验室广泛使用，是最好的流式数据分析软件，同时它也是各高影响力科学期刊使用最多的软 件，已经成了行业的一个标准。 软件下载：FlowJo ......
单细胞生物学基础大型语言模型scGPT
生成式预训练模型在自然语言处理（NLP）和计算机视觉等领域取得了显著的成功。 文本是由文字组成的，细胞可以用基因来表征。 NLP 和单细胞生物学之间的另一个核心相似之处是，用于训练的公开可用的单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的规模庞大且不断增长。 NLP 模型是否也能理解单细胞生物学的 ......
FlowJo 10 Mac流式细胞分析软件
FlowJo 10是一款全功能的流式细胞分析软件，专为实验室和科研工作者设计，具有强大的荧光成像、数据分析和可视化功能。在 FlowJo 10中，用户可以创建自己的流式细胞仪并与其他实验室人员分享，同时通过标准的报告格式和图形化界面进行数据分析。FlowJo 10 Mac版还可以与 LabVIEW/ ......
小鼠大小肠表皮细胞 | 单细胞测序
2023年07月05日 分析单细胞数据已有5年的经验，但竟然没有从头生成过自己的数据。 小鼠基本是机制类探索项目的必备实验，不需要太复杂，只要简单的杂交取样即可。 小鼠模型： Aberrant cell state plasticity mediated by developmental repro ......
流式细胞文件（.fcs）结构简介
FCS一个完整的数据集主要有以下几部分： 头段（必须） 从数据集的第一个字节开始，文件的第一个数据集是从文件的第一个字节开始，最小长度为58个字节。 以ASCII码解析。 记录内容包括文件版本号（0~5共6字节）、文本段开始字节位（10~17共8字节）、文本段结束字节位（18~25共8字节）、数据段 ......
体细胞突变检测分析流程-系列1（ WES&Panel）
Sentieon●体细胞变异检测-系列1 Sentieon 致力于解决生物信息数据分析中的速度与准确度瓶颈，通过算法的深度优化和企业级的软件工程，大幅度提升NGS数据处理的效率、准确度和可靠性。 针对体细胞变异检测，Sentieon软件提供两个模块：TNscope和TNhaplotyer2。 TNs ......