变异 基因 蛋白sars-cov
易基因： DNA甲基化差异水平分析中的DMC、DMR、DMG鉴定 | 干货分享
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量 ......
SNP位点前后各50kb区间的基因
#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;use Tie::File; my %genes;my @lines; tie @lines, 'Tie::File', 'D:\\Desktop\\3.txt' or die "Cannot open file: $!\ ......
Sentieon实战：NGS肿瘤变异检测流程
肿瘤基因突变检测是NGS的一个重要应用，其分析难点主要在于低频变异的准确性。不同于遗传病检测，肿瘤样本类型多样，测序方法和参数复杂，且缺乏对应各种场景的公共标准真集。再加上常用开源软件经常遇到的准确性低，稳定性差，速度慢等问题。这使得广大诊断公司在评估肿瘤变异检测工具、搭建高效稳定的生信流程上，面临 ......
分面火山图--分别展示top25的基因
点击查看代码 ``` object.markers 0.15) #所有差异基因 #View(sig_dge.all) library(dplyr) object.markers % filter(p_val_adj % mutate(Difference = pct.1 - pct.2) libra ......
易基因： RRBS揭示基于DNA甲基化驱动基因的肾透明细胞癌预后模型的鉴定和验证｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 肾细胞癌（RCC）是最常见的肾癌亚型，每年超400万例新发病例，是泌尿系统恶性肿瘤导致的第二大死因。2%-70%的RCC为透明细胞RCC（Clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）。DNA甲基化（DNA ......
GSVA | 基因集变异分析 | 基因集通路打分
前作 转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统 | PROGENy 基于基因表达的打分模型 几种常见的打分方法： mean，最简单 Seurat的AddModuleScore，多了一个背景基因集，消除背景的影响，没什么意义，相当于设置了一个House keeping g ......
易基因｜表观遗传学与脑卒中：DNA甲基化的作用及衰老对血脑屏障修复的影响
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 脑卒中（俗称中风）是导致死亡和长期残疾的主要原因，尤其是对于老龄人来说。脑卒中的平均生存时间为6-7年，许多患者存在身体残疾和晚期认知功能障碍。脑卒中后的神经功能预后取决于许多因素，包括年龄、梗死面积和部位、遗传因素以及脑修复程度。脑卒 ......
Inducible shRNA | 可诱导的shRNA基因敲除技术
前言 什么是siRNA，什么是shRNA？Small interfering RNA (siRNA)，Small hairpin RNAs (shRNA) 什么是可诱导shRNA？ 该系统工作的核心原件有哪些？Dicer、Ago、RNA-Induced Silencing Complex (RISC ......
PCR Genotyping | 利用PCR来确定基因型
前面已经利用了PCR做了一些核心的实验： 目标区域扩增 实时定量mRNA 这里的目的还是目标区域扩增，不过material不再是细菌DNA，而是human cancer cell line的DNA（只需要几千细胞即可）。 Kits和protocol： 2X Phire Tissue Direct P ......
易基因：近期染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）研究成果｜项目集锦
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在生物学研究中，DNA与蛋白质之间的互作（DNA-Protein Interactions，DPIs）是至关重要的，参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程，几乎涉及所有的生命活动。本期以科研内容为序 ......
根据SRA号和参考基因组统计测序的X数
以SRR1770413 为例： 001、测序的碱基数目 测序碱基数目为：387.2M。 002、参考基因组的大小 a、下载参考基因组，并统计基因组的大小 [root@PC1 test01]# ls GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz [root@PC1 t ......
如何统计参考基因组的大小
以绵羊为例： 001、下载绵羊参考基因组 a、 b、 [root@PC1 test02]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/772/045/GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0/GCF_01677 ......
易基因：ChIP-seq等揭示METTL14调控哺乳动物二价结构域的表观遗传机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白及其翻译后修饰在调控基因表达和其他染色质模板化过程中起着重要作用。组蛋白H3赖氨酸4三甲基化（H3K4me3）和组蛋白H3K27me3分别在小鼠植入前胚胎的基因激活和基因抑制中发挥重要作用。H3K4me3和H3K27me3组成的染 ......
植物全基因组选择（GS）研究进展
[toc] > 徐扬老师综述得很到位，读完此文基本能对目前植物GS有个大概的了解。 ：包括 x 和 y 中的所有行。 left_join()：包括 x 中的所有行。 right_join()：包括 y 中的所有行。 full_join()：包括 x 或 y 中的所有行。 如果 x 中的一行与 y 中的多行匹 ......
蛋白质概念
蛋白质是由氨基酸组成的。氨基酸是一类有机分子，它们包含一个氨基基团（NH2）、一个羧基基团（COOH）、一个氢原子以及一个侧链（R基团）。在蛋白质中，多个氨基酸通过肽键连接在一起形成多肽链，进而折叠成特定的三维结构。 有20种常见的氨基酸参与蛋白质的合成。这些氨基酸在结构上有所不同，主要是由于它们的 ......
蛋白质是如何生成的
蛋白质的生成过程称为蛋白质合成或蛋白质生物合成，它发生在细胞内的核糖体中。蛋白质合成包括两个主要的步骤：转录和翻译。 转录（Transcription）： 转录是指将DNA中的基因信息转录成RNA的过程。在细胞核中，DNA的两条链解开，其中一条链作为模板，由RNA聚合酶酶依据碱基配对原则合成与DNA ......
【高中生物必修二】第四章 基因的表达
#第一节 基因指导蛋白质的合成 细胞核的DNA可以帮助合成细胞质的蛋白质，这一过程收到中间物质RNA的帮助。 RNA是由核苷酸组成（脱氧核糖的2号H变为OH），碱基从T变为U。RNA一般是单链，比DNA短，因此可以通过核孔从细胞核转移到细胞质。 RNA主要分为三种 - 信使（messenger）RN ......
蛋白质结构预测的研究方法及未来发展趋势
蛋白质结构预测的研究方法及未来发展趋势 1. 引言 蛋白质是生物大分子，在生物体内执行运输分子、响应刺激、为细胞提供结构以及催化代谢反应等基本功能。蛋白质包含通过肽键连接的一条或多条氨基酸残基长链。在自然环境中，蛋白质通常自发折叠成特定的三级结构，其中每个原子在分子的三维空间中占据独特的位置。驱动蛋 ......
宏基因组技术及其在微生物学研究中的应用
《宏基因组技术及其在微生物学研究中的应用》 学 院： 食品与生物工程学院 小组成员：颜传永 22020080057 材料收集 尹立来 22020080059 材料收集 余文韬 22020080060 文本编写 鄢楚洋 22020080056 文本编写 二○二三年 六 月 宏基因组技术及其在微生物学研 ......
土壤微生物组——从宏基因组学到元基因组学
土壤微生物组——从宏基因组学到元基因组学 摘要：土壤微生物主导着包括植物生长和碳等其他营养物质循环在内的各种重要过程。然而，大多数土壤微生物尚未被分离出来，它们的功能在很大程度上是未知的。虽然宏基因组测序揭示了微生物的物种信息和功能基因信息，但它包含了很多具有巨大不同生理状态下的微生物DNA。因此， ......
细菌素基因在植物乳杆菌各谱系中的分布
小组成员及分工： 组长-封徐杰-选定课题组研究相关的生物信息学文献，组织讨论文献中内容以及分析工具和方法，博客的最终提交； 组员-李震-负责文献大部分的翻译工作； 组员-庹冉-负责文献中采用的生物信息学方法的介绍； 组员-江思近-负责博文初稿的进一步润色。 介绍 植物乳杆菌，以前被命名为"植物乳杆菌 ......
易基因：全基因组DNA甲基化和小RNA分析揭示甘蓝型油菜种子的基因组不对称性
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 多倍体是被子植物基因组进化中的一种持续现象，有助于现存开花植物的多样性。甘蓝型油菜（Brassica napus）是世界上最重要的被子植物油料作物品种之一，起源于Brassica rapa（An）和Brassica oleracea（C ......